cp hello one/two/
copy

表示的是把当前目录下的 hello 文件复制到当前目录下的 one/two/ 文件夹下。

cp /etc/passwd passwd
copy

表示的是把 /etc 目录下的 passwd 文件复制到当前路径下，并且命名为 passwd。

所以总体来看并没有矛盾。